El Puerto San Nicolás tiene una historia que está íntimamente ligada al crecimiento y desarrollo de la ciudad.
Su origen se remonta a la antigua zona de cabotaje, ubicada cerca de la Plaza de los Inmigrantes, sobre la Costanera. En sus primeros años, el Puerto desempeñó un papel esencial en las operaciones comerciales locales. Sin embargo, a fines del siglo XIX, sus actividades se trasladaron a la sección de Embarcaderos de Ultramar, en lo que hoy se conoce como el Parque San Martín.

Durante sus primeros años, el Puerto estuvo bajo la administración de una compañía extranjera, hasta que en 1947, durante el gobierno de Juan Domingo Perón, se nacionalizó. Este proceso marcó un hito en la historia del Puerto, que pasó a ser gestionado por el Estado Nacional.

En las décadas siguientes, el Puerto continuó expandiéndose. En la década de 1960, comenzaron a operar en lo que hoy es el Puerto Nuevo, en las intersecciones de Roman Subiza y RN 188, su actual ubicación. En los años 90, con la sanción de la Ley de Puertos, la administración pasó a manos de la Provincia de Buenos Aires, un cambio significativo en su gestión.

En 2019, la estructura administrativa del Puerto experimentó una transformación importante con la creación del Consorcio de Gestión del Puerto San Nicolás. Desde el año 2020, la Lic. Cecilia Comerio ocupa la presidencia de este consorcio, habiendo sido designada por el gobernador Axel Kicillof.